Alexander Mahone vstúpil do armády krátko po dovŕšení 20-tich rokov. Začínal úplne od nuly a svojou prácou si postupne vyšliapal cestičku až na miesto špeciálneho agenta vo Vojne v zálive. Následne sa stal agentom FBI. S neustále sa zvyšujúcim počtom zatknutých kriminálnikov rástla a naberala na sile aj jeho povesť. Negatívnu pozornosť na seba po prvýkrát upútal až v čase, keď pracoval na prípade Oscara Shalesa. Oficiálne tohto utečenca nikdy nechytil, no rozhodol sa vziať spravodlivosť do svojich rúk keď Shalesa zavraždil a pochoval. Obvinenia proti nemu neboli nikdy vznesené.
Ako ďalší prípad dostal agent Mahone na starosti Fox Riverskú 8-mičku, kde systematicky sledoval všetkých utečencov. Jedného za druhým dolapil a dal im pocítiť svoj vlastný štýl spravodlivosti, pričom mnohých pri tom chladnokrvne zabil. Chytiť však hlavného zosnovateľa úteku, Michaela Scofielda, sa mu nedarilo. Pomoc hľadal aj u bývalého štrážnika a neskoršieho väzňa Brada Bellicka.
Agent Mahone prenasledoval Scofielda až do Panamy. Tu už sa ale neuspokojil iba s jeho opätovným uvrhnutím za mreže väzenskej cely. Pretrhol všetky kontakty s FBI a dúfal, že sa mu podarí vziať Scofieldovi peniaze, ktoré spolu s ostatnými utečencami vykopal. Spolu so svojou ženou a synom chcel začať nový život v Kolumbii. Jeho plán však vyhorel ako fakľa, keď anonym informoval panamskú políciu, že Mahonea možno nájsť na plachetnici plnej kokaínu pri snahe o útek cez Panamský Kanál. Panamská polícia Mahonea vzala do väzby aj napriek jeho tvrdeniam, že to bolo na neho celé narafičené.
Mahone čelí obvineniam z držby narkotík s úmyslom ich ďalšieho predaja a vo väzení Sona čaká na termín zasadnutia súdu.
